Atelier Sophie 2: The Alchemist of the Mysterious Dream folgt weiter den Abenteuern von Sophie und Plachta.

Nachdem sie Sophies Heimatstadt Kirchen-Bell verlassen, entdecken die beiden einen riesigen Baum, der Plachta zuvor bereits in einem Traum erschienen ist. Als sie sich ihm nähern, werden sie in einen mysteriösen Wirbel gezogen. Sophie erwacht alleine in einer neuen seltsamen Welt - der Erde-Wiege - und es dauert nicht lange, bis Sophie von einer Alchemistin namens Plachta erfährt, die am Rande der Stadt lebt.

Zu ihrem Erstaunen handelt es sich allerdings nicht um ihre Freundin, sondern um ein Mädchen, das nur denselben Namen trägt.

Welche weiteren Überraschungen erwarten Sophie auf dieser Reise?