Nach Jahren der Abgeschiedenheit von der menschlichen Welt machen sich die Turtles und ihr Lehrmeister Splinter auf, die Herzen der New Yorker zu gewinnen und als normale Teenager akzeptiert zu werden.

Unterstützt von ihrer neuen Freundin April O'Neil stellen sie sich gegen ein Verbrechersyndikat.

Doch als eine Armee von Mutanten auf sie losgelassen wird, geraten sie in grosse Schwierigkeiten...