L'histoire commence lorsqu'un archipel nommé Kark Isles apparaît près de la ville de Ryza, notre protagoniste.

Y voyant une menace pour leur foyer, Ryza et ses amis décident d'enquêter sur les îles et y découvrent des ruines et un immense portail. Alors que Ryza s'en approche, une étrange voix résonne dans sa tête et lui indique d'atteindre le Code of the Universe.

Que trouveront-ils derrière ce portail, et que peut bien être ce Code of the Universe ?

Espérant trouver un moyen de sauver leur foyer, Ryza et ses amis partent pour une aventure qui tourne autour d'une Key et des origines de l'alchimie.