L'histoire débute sept ans avant les événements de FINAL FANTASY VII et suit les aventures de Zack Fair, un jeune et ambitieux SOLDAT de la Shinra.

Il se voit confier la mission de retrouver un SOLDAT 1re classe dénommé Génésis Rhapsodos. Mais au fil de son aventure, il découvre les sinistres secrets des expériences menées par la Shinra et des monstres qu'elles ont créé.

Le jeu inclut divers personnages de la franchise FINAL FANTASY VII, comme Cloud, Séphiroth, et Aerith, parmi d'autres.