Le Dr Shaun Murphy, un jeune chirurgien atteint d'autisme, continue de travailler sans relâche pour prouver à ses collègues que ses dons médicaux extraordinaires permettent de sauver des vies.

Tout en préparant le mariage de Léa et Shaun, la saison 5 voit le jeune médecin faire face à de nouvelles incertitudes alors qu'un changement majeur intervient à St. Bonaventure.