Il criminale Callum Lynch viene segretamente salvato da una condanna a morte dalle Abstergo Industries, moderna incarnazione del misterioso Ordine dei Templari. Costretto a utilizzare l'Animus, un macchinario che gli permette di rivivere i ricordi dei suoi antenati, scopre di discendere da un membro dell'Ordine degli Assassini, Aguilar de Nerha, vissuto nella Spagna del XV secolo. Rivivendo le sue memorie, Lynch acquisirà le conoscenze e le abilità necessarie a combattere l'Abstergo e i Templari